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福山苗圃氣象站

福山苗圃氣象站.png — 位於農業部林業試驗所福山研究中心所管試驗林區之「福山苗圃氣象站」，海拔高約有634公尺，於1988年設置並開始觀測，鄰近苗圃與福山研究中心。

哈盆氣象站

哈盆氣象站.png — 位於農業部林業試驗所福山研究中心所管試驗林區之「哈盆氣象站」，海拔高約有624公尺，於2001年設置並開始觀測，為哈盆溪流域提供更詳細的氣象觀測資料。

福山植物園氣象站(已轉由氣象署觀測)

/001/Upload/438/relpic/12625/409/af35c166-d4f4-4839-bbd5-2fd504e0a2f1.jpg — 位於農業部林業試驗所福山研究中心所管試驗林區之「福山植物園氣象站」，海拔高約有660公尺，於1997年設置並開始觀測，於2018年移撥至中央氣象署觀測。

蓮華池氣象站(已轉由氣象署觀測)

福山苗圃氣象站.png — 位於農業部林業試驗所蓮華池研究中心所管試驗林區之「蓮華池氣象站」，海拔高約有607公尺，於1961年設置並開始觀測，於2018年移撥至中央氣象署觀測。

畢祿溪氣象站(已轉由氣象署觀測)

福山苗圃氣象站.png — 位於農業部林業試驗所蓮華池研究中心所管試驗林區之「畢祿溪氣象站」，海拔高約有2350公尺，於1971年設置並開始觀測，於2019年移撥至中央氣象署觀測。

四湖植物園氣象站(已轉由氣象署觀測)

四湖植物園氣象站(已轉由氣象署觀測) — 位於農業部林業試驗所嘉義研究中心所管試驗林區之「四湖氣象站」，海拔高約有5公尺，於1993年設置並開始觀測，於2018年移撥至中央氣象署觀測。

六龜氣象站(已轉由氣象署觀測)

六龜氣象站(已轉由氣象署觀測) — 位於農業部林業試驗所六龜研究中心所管試驗林區之「六龜氣象站」，海拔高約有251公尺，於1980年設置並開始觀測，於2019年移撥至中央氣象署觀測。

扇平氣象站(已轉由氣象署觀測)

扇平氣象站(已轉由氣象署觀測) — 位於農業部林業試驗所六龜研究中心所管試驗林區之「扇平氣象站」，海拔高約有692公尺，於1951年設置並開始觀測，於2019年移撥至中央氣象署觀測。

多納氣象站

多納氣象站.png — 位於農業部林業試驗所六龜研究中心所管試驗林區之「多納氣象站」，海拔高約有1050公尺，於1987年設置並開始觀測，中央氣象局在此地亦設置雨量監測站觀測。

森山氣象站

森山氣象站.jpg — 位於農業部林業試驗所六龜研究中心所管試驗林區之「森山氣象站」，海拔高約有1202公尺，於1991年設置並開始觀測。從扇平森林生態科學園之工作站步行往上爬約需1個半小時的路程，為本所氣象站最難抵達者，原址為森山派駐所。

鳳崗山氣象站

鳳崗山氣象站.png — 位於農業部林業試驗所六龜研究中心所管試驗林區之「鳳崗山氣象站」，海拔高約有1637公尺，於1986年設置並開始觀測。為本所各試驗林氣象站海拔最高者，亦有中央氣象局雨量監測站於此觀測。

龜仔角氣象站(已轉由氣象署觀測)

龜仔角氣象站(已轉由氣象署觀測) — 位於農業部林業試驗所恆春研究中心所管試驗林區之「龜仔角氣象站」，海拔高約有222公尺，於1980年設置並開始觀測，於2019年移撥至中央氣象署觀測。

港口氣象站

港口氣象站.png — 位於農業部林業試驗所恆春研究中心所管試驗林區之「港口氣象站」，海拔高約有65公尺，於1993年設置並開始觀測，為本所各試驗林氣象站海拔最低者，在本所港工作站內，區內有知名景點「白榕園」可供觀賞。

太麻里氣象站(已轉由氣象署觀測)

太麻里氣象站(已轉由氣象署觀測) — 位於農業部林業試驗所太麻里研究中心所管試驗林區之「太麻里氣象站」，海拔高約有96公尺，於1977年設置並開始觀測，於2019年移撥至中央氣象署觀測。

麥里蘆氣象站

麥里蘆氣象站.png — 位於農業部林業試驗所福山研究中心所管試驗林區之「麥里蘆氣象站」，海拔高約有859公尺，於1993年設置並開始觀測，鄰近太麻里研究中心第二工作站。